Les premiers récits de la découverte de cette île viennent des grecs qui sillonnaient les mers de l’Océanie, c’est-à-dire vers 500 avant notre ère. Mais la thèse la plus officielle est sans doute celle d’un peuplement par vague venue d’Austronésie et d’Afrique.
L’histoire de l’île rouge est très récente. Elle est l’une des dernières terres à être peuplé. Venus de plusieurs horizons, les vagues d’arrivées n’ont cessé depuis plus de deux millénaires jusqu’au XVème siècle de notre ère.
On a toujours considéré – faute de trouvailles archéologiques significatives – que Madagascar n’avait pas été occupée avant la fin du premier millénaire après J.-C., c’est-à-dire à une époque très récente. Quand les européens commencèrent à s’intéresser de manière scientifique aux populations et à l’histoire de l’île, ils constatèrent rapidement que les langues pratiquées dans la grande île appartenaient à une branche indonésienne de la famille malayo-polynésienne, ce étayait une origine orientale du peuplement, mais cette hypothèse se mettait en contradiction avec les caractéristiques anthropologiques des populations indigènes, la plupart adoptant des caractères bien africains quant aux traits indonésiens ,ils se sont maintenus très nettement chez les Mérina et les Betsileo du nord.
Les migrations maritimes en provenance de l’archipel indonésien ne purent s’effectuer qu’à bord de grands vaisseaux dont on sait maintenant que les gens de Sumatra savaient les construire à l’époque de l’empire de Srivijaya. L’histoire du peuplement de Madagascar demeure encore très difficile à reconstituer dans la mesure où les cultures austronésiennes étaient des civilisations du végétal et n’ont de ce fait laissé, pour ces périodes très anciennes, que très peu de traces identifiables susceptibles d’être exploitées par les historiens archéologues, si l’on excepte les marmites de chloritoschite découvertes sur le site de Vohémar, sur la côte nord-est de Madagascar, qui sont très proches d’objets analogues découverts à Dembeni (aux Comores) et sur la côte orientale africaine.
Il faut ajouter à ces diverses hypothèses celle relative aux Vazimba, premiers occupants plus ou moins mythiques de l’île, que l’ethnologue Jean Poirier a supposé être parents des populations bushmanoïdes d’Afrique australe… Les premiers Paléoindonésiens – sans doute métissés d’éléments africains – pratiquaient la navigation et la pêche ainsi que la culture sur brûlis, selon des méthodes identifiées chez certaines populations de Bornéo.
Si les origines du peuplement indonésien de Madagascar sont donc à peu près connues, celles de ses populations littorales, à l’évidence africaines à l’exception des arabes est encore un sujet à débat.

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